Americké centrá pre kontrolu a prevenciu chorôb, CDC, založili konzorcium, ktoré zahájilo národnú sieť sekvenačných laboratórií, ktoré urýchlia uvoľnenie sekvenčných údajov SARS-CoV-2 do verejnej sféry. Sprievodcovi pomôže rýchle uvoľnenie otvorených údajov o sekvencii koronavírusu Covid-19 reakcia na verejné zdravie, podpora inovácií a objavov a lepšie pochopenie tejto a budúcich pandémií.
Časť Sekvenovanie SARS-CoV-2 pre núdzové situácie, epidemiológiu a dozor nad verejným zdravím (SPHERES) konzorcium, čo výrazne rozšíri využitie sekvenovanie celého genómu (WGS) vírusu COVID-19. SPHERES bude poskytovať konzistentné sekvenčné údaje v reálnom čase tímom reakcie na verejné zdravie, ktoré vyšetrujú prípady a zoskupenia COVID-19 po celej krajine.
Toto nové konzorcium im pomôže lepšie pochopiť, ako sa vírus šíri na národnej i miestnej úrovni. Lepšie údaje zase pomôžu úradníkom v zdravotníctve prerušiť reťaze prenosu, predchádzať novým prípadom chorôb a chrániť a zachraňovať životy.
„USA sú svetovým lídrom v oblasti pokročilého rýchleho sekvenovania genómov. Toto koordinované úsilie v našich verejných, súkromných, klinických a akademických laboratóriách verejného zdravotníctva bude hrať zásadnú úlohu v porozumení prenosu, vývoja a liečby SARS-CoV-2. Som si istý, že naše najlepšie a najkvalifikovanejšie mysle spolupracujú, aby nám pomohli zachrániť životy dnes a zajtra, “uviedol riaditeľ CDC Robert Redfield, MD
Sledovanie vývoja vírusu COVID-19
Údaje o genomických sekvenciách môžu poskytnúť bezprecedentný pohľad na biológiu SARS-CoV-2, vírusu, ktorý spôsobuje COVID-19, a pomôcť definovať meniace sa prostredie pandémie. Sekvenovaním vírusov z celých Spojených štátov môžu CDC a ďalšie úrady verejného zdravotníctva monitorovať dôležité zmeny vírusu a tieto informácie môžu použiť na usmernenie sledovania kontaktov, snáh o zmiernenie verejného zdravia a stratégií kontroly infekcie.
Konzorcium SPHERES je ambicióznym úsilím koordinovať sekvenovanie genómov SARS-CoV-2 na národnej úrovni a organizovať desiatky menších individuálnych snáh do jednej distribuovanej siete laboratórií, inštitúcií a spoločností. Konzorcium kombinuje odborné znalosti, technológiu a zdroje 40 štátnych a miestnych zdravotníckych oddelení, niekoľkých veľkých klinických laboratórií a viac ako dvoch desiatok spolupracujúcich inštitúcií z federálnej vlády, akademickej obce a súkromného sektoru.
SPHERES ustanoví najlepšie postupy a štandardy konsenzu v oblasti údajov, urýchli zdieľanie otvorených údajov a vytvorí zdroj a odborné znalosti, ktoré pomôžu pri zavádzaní špičkových technológií do národnej reakcie COVID-19.
SPHERES dáta otvorené, zdieľané
Členovia konzorcia zdieľajú záväzok k rýchlemu otvorenému zdieľaniu sekvencií. Plánujú predložiť všetky užitočné údaje o postupoch do verejných úložísk v Národnom centre pre biotechnologické informácie Národnej knižnice medicíny (NLM / NCBI), Globálnej iniciatíve na zdieľanie údajov o vtáčej chrípke (GISAID) a ďalších verejných úložiskách postupností. To pomôže zabezpečiť, aby údaje o vírusových sekvenciách z celých Spojených štátov boli rýchlo dostupné pre rozhodovanie v oblasti verejného zdravia a voľne prístupné výskumníkom z celého sveta.
Medzi členov konzorcia patria:
Federálne agentúry a laboratóriá
Centrá pre kontrolu a prevenciu chorôb, Úrad pre pokročilé molekulárne detekcie
Argonne National Laboratory
Agentúra pre obranné zdravie, Globálne infekčné Choroba dohľad
Food and Drug Administration
Národné laboratórium Lawrence Berkeleyho
Los Alamos National Laboratory
Národný ústav pre alergie a infekčné choroby, Úrad pre genomiku a pokročilé technológie
Národný inštitút pre normy a technológie
Národné centrum pre biotechnologické informácie Národnej lekárskej knižnice
Walter Reed, armádny inštitút pre výskum
Štátne / miestne laboratóriá verejného zdravotníctva
Arizona
Kalifornia
Delaware
District of Columbia
Florida
Havaj
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
Severná Karolína
Severná Dakota
Nevada
Nové Mexiko
New York
Utah
Virginie
Washington
Wisconsin
Wyoming
Akademické inštitúcie
Baylor University
Cornell University
Centrum pre výskum rakoviny Freda Hutchinsona
Lekárska fakulta Mount Sinai
New York University
Univerzita severnej Arizony
Univerzita v Buffale
University of California, Berkeley
Kalifornská univerzita, Davis
University of California, Irvine
Kalifornská univerzita v Los Angeles
Kalifornská univerzita v San Franciscu
Kalifornská univerzita, Santa Cruz
University of Chicago
Univerzita v Marylande
University of Minnesota
Univerzita v Nebraske
Univerzita Nového Mexika
Univerzita vo Washingtone
Yale University
korporácie
Diagnostika spoločnosti Abbott
bioMerieux
Farebná genomika
Gingko Bioworks
IDbyDNA
V-Q-Tel
LabCorp
Jeden kódex
Technológie Oxford Nanopore
Pacific Bisciences
Qiagen
Diagnostika úloh
Veru, vedy o živote
Názvy spoločností sú poskytované iba na informačné účely a ich uvedenie tu neznamená schválenie spoločností alebo žiadneho z ich komerčných produktov alebo služieb Centrami USA pre kontrolu a prevenciu chorôb.
Neziskové verejné zdravotné alebo výskumné ústavy
Asociácia laboratórií verejného zdravia
Billa a Melindy Gatesovcov
Široký inštitút
BioHub Chan Zuckerberg
Inštitút Craiga Ventera
Aliancia verejného zdravia za genomickú epidemiológiu
Výskum skriptov
Jackson Laboratory
Výskumný ústav prekladovej genomiky - sever
Walderova nadácia
Za posledných šesť rokov investoval program CDC Office of Advanced Molecular Detection do federálnych a štátnych laboratórií verejného zdravotníctva s cieľom rozšíriť využitie genomiky patogénov a ďalších pokrokových laboratórnych technológií na dohľad nad infekčnými chorobami a reakciu na ohnisko nákazy. Cieľom súčasnej investície do konzorcia je záchrana životov pri pandémii SARS-CoV-2 a príprava USA a sveta na budúcu reakciu na pandémiu.
Ak sa chcete dozvedieť viac o genómovom sekvenovaní alebo o práci CDC v oblasti pokrokovej molekulárnej detekcie, navštívte stránku https://www.cdc.gov/amd/
