UNESCO označilo sériu miest spojených s pestrou históriou kresťanov v Japonsku od 16. do 19. storočia za 18. miesto svetového kultúrneho dedičstva krajiny. Toto „miesto“ pozostáva z 10 dedín na severozápade Kjúšú, ako aj zrúcanín hradu Hara – pôvodne postaveného Portugalcami – a Katedrály Nepoškvrneného počatia Panny Márie v meste Nagasaki.

Pretože praktizovanie kresťanstva bolo v Japonsku zakázané až do roku 1873, kresťania (známi ako Kakure Kirishitan) uctievali – a misionári šírili evanjelium – tajne. Sú to „tajné“ kostoly v odľahlých pobrežných „kresťanských“ dedinách a izolovaných ostrovoch, ktoré sú hlavnou súčasťou uznania UNESCO. Ďalším prvkom sú zrúcaniny hradu Hara, pretože ho používali portugalskí a holandskí misionári.

Jedným z najviditeľnejších príkladov označenia UNESCO je rímskokatolícka katedrála Panny Márie v Nagasaki – známa aj ako Katedrála Nepoškvrneného počatia – postavená v roku 1914 po zrušení zákazu kresťanstva. Pôvodná katedrála bola zničená atómovou bombou, ktorá spadla na Nagasaki v auguste 1945 a replika originálu bola vysvätená v roku 1959. Sochy a artefakty poškodené pri bombardovaní, vrátane francúzskeho zvonu Angelus, sú teraz vystavené na pozemku (a na Katedrála Nepoškvrneného počatia). Neďaleký Peace Park obsahuje zvyšky múrov pôvodnej katedrály. Oura Church je ďalší katolícky kostol v Nagasaki. Postavený ku koncu obdobia Edo v roku 1864 francúzskym misionárom pre rastúcu komunitu zahraničných obchodníkov v meste, je považovaný za najstarší stojaci kresťanský kostol v Japonsku a jeden z najväčších národných pokladov krajiny.

Historicky bolo Nagasaki dlho počiatočnou vstupnou bránou pre cudzincov do Japonska. Bolo to v Nagasaki v roku 1859, po tom, čo americký komodor Perry použil diplomaciu delových člnov, aby požadoval ukončenie japonskej viac ako 200-ročnej politiky izolácie, prišli diplomati z krajín z celého sveta žiadať, aby bol prístav otvorený obchodu. Potom cisár Meidži v roku 1859 vyhlásil Nagasaki za slobodný prístav. A práve Nagasaki bolo dejiskom románu Johna Luthera Longa z roku 1898, Madame Butterfly, ktorý bol v roku 1904 premenený na operu Giacoma Pucciniho a zostáva jedným zo svetových najobľúbenejšie opery.